En julio de 1997, el Centro realizó un concurso entre las personas que lo integran: profesores, investigadores y personal administrativo; mostrándoles diferentes diseños de logotipos para seleccionar el que los representara. Los diseños fueron de tipo prehispánico; entre ellos: Tlaloc, Tecpal, Acatl, Ollín, etc. Resultó con un 75% de interés por su colorido y significado del símbolo, el de Ollín (Cosmos en movimiento); el cual, el Centro envió al Departamento Jurídico del IPN para su trámite de autoría.
En la Cuarta Reunión Ordinaria del Comité Académico del Centro, que celebró el viernes 12 de diciembre de 1997 a las 13:30 h., se trató la propuesta del logotipo en los asuntos generales de la orden del día.
Avaló la minuta de la sesión el director Dr. Manuel Servín Massieu, siendo decano el †M. en C. Fernando Lozano Romen.
Verde, guinda, negro, amarillo y rojo.
Rodeando al símbolo del cosmos en movimiento (Ollín) se encuentra el nombre de: Centro Interdisciplinario de Investigaciones y Estudios sobre Medio Ambiente y Desarrollo.
Dentro del círculo y la parte superior del Ollín las siglas IPN, en la inferior las siglas del Centro: CIIEMAD.
En la parte central su símbolo fundamental, el Ollín que significa: